Disputatsen omfatter syv artikler udført i perioden 1997-2001 ved Infektionsmedicinsk Afdeling og Copenhagen HIV Programme, H:S Hvidovre Hospital, samt Institute of Molecular Medicine, Oxford, og Department of Infectious Diseases, Indiana University.
Svampen Pneumocystis jiroveci (tidligere kaldet P. carinii ) forårsager pneumoni (PCP) blandt immunkompromitterede, specielt hiv-patienter. P. jiroveci (Pj) kan ikke dyrkes. Undersøgelserne belyser infektionen igennem DNA-typning og evaluerer PCR-baseret diagnose af PCP.
Diagnostisk kan PCR påvise Pj i øvre luftvejs-prøver. Hos hiv-patienter blev PCR anvendt på mundskyllevand sammenlignet med BAL og mikroskopi; Likelihood ratio for positiv og negativ PCR-test var henholdsvis 14,7 og 0,1. Blandt ikke-hiv- smittede blev 4,4% af 367 patienter mistænkt for pneumoni fundet PCR-positive, heraf udviklede de fleste ikke klinisk PCP.
Ved genotypning af ITS-regionen i rRNA fra Pj blev en prospektiv kohorte af HIV-1 PCP-patienter samt to case- clusters af PCP blandt hæmatologiske og hiv-patienter undersøgt. Blandingsinfektioner med mere end én ITS-type var hyppigt forekommende, og de mest almindelige ITS-typer var i overensstemmelse med fund fra andre kontinenter. Der var ingen sammenhæng mellem ITS-genotyper og demografiske variable eller sværhedsgrad af PCP. Ved undersøgelse af PCP- autopsi-lunger var blandingsinfektion hyppig, og genotyper, påvist ved PCP-diagnosen, var ikke fuldt repræsentative for genotyper påvist i lungerne. Der var ingen evidens for direkte smitte imellem patienter.
Den udbredte brug af sulfonamider til profylakse af PCP blandt hiv-patienter kan medføre resistens. I fravær af et in vitro-assay, blev Pj- isolater undersøgt for mutationer i dihydropteroat synthase (DHPS)-genet, der er mål for sulfonamider. Ved 152 episoder af aids-associeret PCP i 1989-1999, steg raten af DHPS-mutationer frem til 1996, afløst af et fald i 1997-1999. DHPS-mutationer var signifikant associeret med tidligere sulfaeksponering og svigt af sulfonamid-PCP-profylakse, men blev også fundet blandt patienter uden sulfonamideksponering. DHPS-mutation var en uafhængig prædiktor for død af PCP. Imidlertid er det usikkert, om DHPS-mutationer medfører egentlig resistens for højdosis sulfotrimbehandling.
Studierne har vist, at PCP ikke er klonal og sjældent skyldes direkte transmission. DHPS-mutationer, der er indikator for sulfonamidresistens, er øget markant som følge af udbredt sulfotrimanvendelse. Den stigende forekomst af DHPS-mutationer blandt patienter uden kendt eksposition for sulfabehandling antyder, at indirekte human transmission er en vigtig smittevej. PCR-diagnostik kan anvendes som supplement til mikroskopi. Et negativt PCR-resultat kan med høj sandsynlighed udelukke PCP, mens et positivt resultat må fortolkes forsigtigt.